Das 17. und 18. Jahrhundert wurde stark durch die unterschiedlichen christlichen Glaubensrichtungen geprägt. An Hand der beispielhaft ausgewählten Baudenkmale lassen sich bis heute die verschiedenen Glaubensimpulse nachvollziehen.

Im Gegensatz zu anderen Regionen wurden in Westfalen nach der Reformation nahezu keine Klöster und Stifte aufgehoben. Seit dem 17. Jahrhundert wurden sie sogar in konfessionell gemischte Stifte umgewandelt, in denen protestantische und katholische Damen gemeinsam lebten.

Ein besonderes Beispiel hierfür ist das ungefähr 1225 als Zisterzienserinnenkloster gegründete Stift Fröndenberg, in dem, seit der Reformation auf evangelischem Territorium gelegen, katholische, reformierte und lutherische Frauen lebten. Zu dieser seltenen Dreikonfessionalität kam es durch eine unklare politische Rechtslage nach dem Tode des letzten Herzogs von Jülich-Kleve-Berg im Jahre 1609 zwischen dem Grafen von der Mark und dem Kölner Erzbischof und Kurfürsten Ferdinand. Die Toleranz gegenüber den verschiedenen Glaubensrichtungen prägte auch außerhalb des Stiftes das religiöse Leben in Fröndenberg, wo sich drei Gemeinden unterschiedlicher Konfessionen eine Kirche teilten.

Vielerorts wurden im 16. und 17. Jahrhundert katholische Kirchen von den neuen protestantischen Gemeinden umgenutzt. Selten gab es zwei Kirchen an einem Ort wie in Holzwickede-Opherdicke, wo seit dem späten 16. Jahrhundert die Gemeinde lutherisch wurde, der Adel aber zum alten Glauben zurückkehrte und 1683 eine katholische Kirche errichten ließ.
Die Errichtung einer neuen reformierten Kirche wurde von der Kurfürstin Amalia von der Pfalz 1602-04 in Alpen am Niederrhein veranlasst. Dort steht als bauliches Zeichen ihres neuen Glaubens die älteste reformierte Pfarrkirche Deutschlands.

Einen weiteren Glaubensimpuls setzten um 1700 auch zwei katholische Schwestern, die Gräfinnen von Nesselrode-Reichenstein. Sie hatten in Köln bei den Ursulinen, der 1535 von Angela Merici in Brescia gegründeten Frauengemeinschaft, ihre Erziehung erhalten und wollten diesem fortschrittlichen Vorbild entsprechend ein Institut zur Ausbildung von Mädchen im Bistum Münster gründen.
Durch ihr großes Engagement und die Unterstützung ihres Vaters kam es schließlich am 3. November 1698 zur Unterzeichnung der Gründungsurkunde durch Kurfürst Joseph Clemens von Köln und dem anschließenden Bau des Klosters und der Schule in Dorsten im Vest Recklinghausen.

Eine der wenigen Kirchen, die auch während und nach der Reformation in der protestantischen Grafschaft Mark katholisch blieb, ist die Marienkirche in Lünen.
Als Marienwallfahrtsstätte sicherte sie das Überleben von Altlünen nach der Verlegung der Stadt von 1336 bis 1341 durch den Grafen von der Mark auf das südliche Lippeufer und auch später durch die entsprechenden Einnahmen als Pilgerstätte. Sie diente als Pfarrkirche für die in Altlünen und südlich der Lippe wohnenden Katholiken.

Besonders um die Wallfahrt verdient gemacht hat sich in der 2. Hälfte des 17. Jahrhunderts der Küster und Organist Rudolph Nagell, Initiator des ersten katholischen Gesangbuches in deutscher Sprache. Vielfach wird er als Impulsgeber für die Rekatholisierung im Lüner Raum gesehen. Sein 1690 auf dem Gebiet des Bistums Münster erbautes Kötterhaus steht heute noch in Lünen, wo er in der Marienkirche in Altlünen in der protestantischen Grafschaft Mark tätig war.