Am Abend des 24. Oktober 1648 unterzeichneten Vertreter des Kaisers, Schwedens, Frankreichs und einiger Reichsstände in Münster zwei Friedensinstrumente, die freilich eng aufeinander bezogen waren und vertragsrechtlich zusammen einen Vertrag bildeten. Das Instrumentum Pacis Monasteriense (IPM) beinhaltete hauptsächlich die Beilegung des militärischen Konfliktes zwischen dem Kaiser und Frankreich. Durch das Instrumentum Pacis Osnabrugense (IPO) wurde der Krieg zwischen dem Kaiser und Schweden beendet; daneben behandelte es Fragen der Reichsverfassung und der Reichsreligionsverfassung.
Um zu einem Frieden zu gelangen, mußten zunächst vor allem die ausländischen Mächte, d. h. die Kronen Frankreich und Schweden, territorial entschädigt werden. Frankreich erhielt nun auch formell die drei lothringischen Bistümer Metz, Toul und Verdun, die es faktisch schon seit längerem beherrschte. Hinzu kamen die elsässischen Besitztümer des Hauses Habsburg, ferner die auf dem rechten Rheinufer gelegene Festung Breisach sowie das Besatzungsrecht in dem ebenfalls rechtsrheinischen Philippsburg. Schweden sicherte sich Vorpommern mit Stettin und der rechten Odermündung sowie Rügen, das mecklenburgische Wismar und die beiden Bistümer Bremen und Verden. Damit kontrollierte es Mündungen von Oder, Elbe und Weser; die wichtigsten deutschen Ostseehäfen standen ebenfalls unter schwedischer Kontrolle. Während die Gebiete, die Frankreich zufielen, formal aus dem Reichsverband ausschieden, blieben die von Schweden in Besitz genommenen Territorien weiterhin Bestandteil des Reiches; Schweden wurde somit Reichsstand und war mit Sitz und Stimme auf dem Reichstag vertreten. Neben den Gebietsverlusten mußte das Reich des weiteren für den Abzug der schwedischen Truppen 5 Millionen Reichstaler zahlen. Die genaueren Modalitäten sowohl der Zahlungen als auch der Heeresdemobilisierung wurden nicht in Osnabrück, sondern erst 1649/50 auf einem Nachfolgekongreß in Nürnberg festgelegt, und es dauerte bis 1654, ehe die schwedischen Truppen mit der Räumung des von ihnen besetzten Vechta den Truppenabzug in der vereinbarten Form beendeten. Besonders umstritten war auf dem Friedenskongreß die Abtretung Vorpommerns an die skandinavische Macht, da ganz Pommern nach dem Aussterben des einheimischen Herzogsgeschlechts 1637 kraft Erbrechts dem Brandenburger Kurfürsten zustand. Erst nach langem Ringen gab sich der später so genannte "Große Kurfürst" mit Hinterpommern zufrieden. Die Bistümer Cammin, Halberstadt und Minden wurden ihm als Entschädigung übertragen; hinzu kam die Anwartschaft auf das Erzbistum Magdeburg, das dann nach dem Tod des regierenden Erzbischofs 1680 an das Haus Hohenzollern fiel. Unter anderem diese Bestimmungen, die der katholischen Kirche große Besitzeinbußen brachten, veranlaßten den Papst, gegen die Friedensregelungen formell Protest einzulegen; freilich hatten die vertragsschließenden Parteien durch die Aufnahme einer sogenannten "Antiprotestklausel" in das Friedenswerk den päpstlichen Widerspruch im vorhinein zum Scheitern verurteilt. Nachdem die nördlichen Niederlande bereits im spanisch-niederländischen Frieden vom 30. Januar 1648 (feierlich beschworen am 15. Mai) ihre Loslösung von Spanien erlangt hatten, erreichte im Frieden vom 24. Oktober die Schweiz die formale Unabhängigkeit vom Reich. Insgesamt endete mit dem Westfälischen Frieden die Vorstellung einer gottgewollten Einheit des christlichen Abendlandes, an dessen Spitze Kaiser und Papst standen. Nunmehr stellte sich Europa als eine säkulariserte, auf Vereinbarung und Völkerrecht basierende Ordnung prinzipiell gleichberechtigter Staaten dar.
In Hinsicht auf die Religionsfragen im Reich schrieb der Frieden die Gleichberechtigung der drei großen Konfessionen der Katholiken, Lutheraner und Calvinisten fest. In den Territorien sollte zukünftig diejenige Konfession gelten, die dort am 1. Januar 1624 gültig war (Ausnahme Kurpfalz mit dem Stichjahr 1618). Ein Konfessionswechsel des Landesherren hatte somit für die religiöse Ausrichtung der Untertanen keine Konsequenzen mehr. Lediglich für die habsburgischen Erblande blieb das alte Prinzip des Cuius regio eius religio erhalten; dort sollte nach 1648 (mit Ausnahme Schlesiens und Niederösterreichs, wo Protestanten geduldet wurden) ausschließlich der katholische Glaube erlaubt sein. In den vier Reichsstädten Augsburg, Dinkelsbühl, Biberach und Ravensburg sollten katholische und lutherische Konfession nebeneinander gelten; alle öffentlichen Ämter waren paritätisch, d. h. mit der gleichen Anzahl von Vertretern der jeweiligen Konfessionen zu besetzen. Für das Bistum Osnabrück ersann man das Prinzip der alternierenden Bischofsberufung: Auf einen katholischen Amtsträger mußte ein Lutheraner folgen und umgekehrt. Wie eng der Zusammenhang zwischen den religionspolitischen Fragen und Problemen der Reichsverfassung war, zeigt das 1648 ins Leben gerufene Prinzip der sog. itio in partes: Es wurde bestimmt, daß sich die einzelnen Reichsstände je nach evangelischer bzw. katholischer Konfession in zwei corpora zusammenfinden sollten. Sowohl das corpus Catholicorum als auch das corpus Evangelicorum hatte eine Kollektivstimme; eine Majorisierung einer Gruppe durch die andere war damit in Religionsfragen ausgeschlossen, und die Parteien waren auf den Weg der gütlichen Einigung verwiesen. Wenn mit diesen Bestimmungen auch noch keineswegs religiöse Toleranz erreicht war, markiert der Westfälische Friede gleichwohl einen wichtigen Schritt in diese Richtung. Zumindest in Hinblick auf Katholiken, Lutheraner und Calvinisten - Angehörige anderer Glaubensrichtungen waren von den Religionsbestimmungen des Friedens ausgeschlossen - herrschte religiöse Pluralität. Der Zwang zum Frieden hatte zum konfessionellen Ausgleich geführt; die Politik hatte den Primat der Religion überwunden; beide Bereiche traten in Zukunft immer mehr auseinander. Der entscheidende Schritt zur Säkularisierung des Staatlichen war getan. Religionskriege waren nach 1648 in Deutschland ausgeschlossen.
Auf dem Gebiet der Reichsverfassung wurde die Stellung der Reichsstände gegenüber dem Kaiser gestärkt. Sie erhielten das Recht, Bündnisse auch mit auswärtigen Mächten zu schließen, eingeschränkt allerdings durch die - freilich durch geschickte Argumentation leicht zu umgehende - Klausel, daß das betreffende Bündnis sich nicht gegen Kaiser und Reich richten dürfe. Daneben wurde ihnen ein Mitbestimmungsrecht in allen fundamentalen Angelegenheiten des Reiches wie etwa der Gesetzgebung oder der Frage nach Krieg und Frieden eingeräumt. Dieses Mitspracherecht konkretisierte sich in Beratung und Abstimmung beim Reichstag. Im Hinblick auf die Rechtsprechung wurde das Reichskammergericht annähernd paritätisch besetzt. Der Reichshofrat blieb ein kaiserlich geprägtes Organ; nach 1648 wurden jedoch auch Protestanten in ihn berufen. Bayern behielt die ihm 1628 auf Dauer verliehene pfälzische Kurwürde; für die Pfalz wurde eine achte Kur geschaffen. Mit den Verfassungsbestimmungen des Westfälischen Friedens war der Grund für die föderale Struktur des Reiches gelegt. Der Weg zu einem zentralistischen Einheitsstaat in Deutschland war versperrt, und es waren die einzelnen Territorien, in denen sich in der Folge der zentralisierte, frühabsolutistische Fürstenstaat ausbildete.
Durch den Westfälischen Frieden waren keineswegs alle Probleme in Europa und im Reich gelöst. Der Krieg zwischen Spanien und Frankreich ging weiter und wurde erst 1659 im Pyrenäenfrieden beigelegt. Wenige Jahre nach 1648 brachen im Ostseeraum neue bewaffnete Konflikte auf, und seit den späten 1660er Jahren begann der französische König Ludwig XIV. eine Reihe von Kriegen gegen seine Nachbarn. Damit wurde die Friedensordnung von 1648 in internationaler Hinsicht zum Einsturz gebracht, denn mit Frankreich verstieß gerade eine der Mächte, die das Friedenssystem laut Vertrag garantieren sollte, gegen dieses System. Obwohl die Ordnung des Westfälischen Friedens unter dem Aspekt der zwischenstaatlichen Beziehungen demnach lediglich "eine sehr kurzlebige Erscheinung " (Heinz Duchhardt) war, hatten die Verhandlungen von Münster und Osnabrück gleichwohl mit ihrem Kompromißfrieden und mit ihrem Modell eines europäischen Gesandtenkongresses ein Instrument zur Verfügung gestellt, mit dessen Hilfe die nachfolgenden Kriege beendet werden konnten. Dem Reich schließlich brachten die Bestimmungen von 1648 den Religionsfrieden und gaben ihm eine Verfassungsordnung, die bis zum Ende des Alten Reiches mehr als 150 Jahre Bestand hatte und die in dieser Hinsicht in der deutschen Geschichte bisher noch nicht wieder erreicht worden ist.
Ulrich Winzer