Als Jugendlicher konvertierte der Sproß einer österreichischen Adelsfamilie zum Katholizismus. Wie seine Vorfahren trat er nach einer kurzen Militärlaufbahn in den Dienst der Habsburger. Unter Rudolf II. begann seine Karriere im Reichshofrat; Ferdinand III. ernannte ihn schließlich zum Präsidenten des Geheimen Rates.

Der in einer kaiserlichen Geheiminstruktion mit weitgehenden Vollmachten ausgestattete Trauttmansdorff war nach seiner Ankunft in Münster 1645 die treibende Kraft des Kongresses. Er handelte die wichtigsten Regelungen mit den fremden Mächten aus. Zwar fehlt seine Unterschrift auf den Friedensverträgen - 1647 wurde er aus Krankheitsgründen von Isaac Volmar abgelöst - dennoch kann er als der eigentliche Vater des Vertrags gelten.