Die Ministerien formulierten die Richtlinien des Verwaltungs-
handelns und beaufsichtigten die Unterbehörden. Ihnen unterstanden auch die „Generaldirek- tionen" oder „General- administra- tionen" genannten Fachbehörden, so dem Justizministerium die „Generaldirektion der hohen Polizei" (1808-1811), dem Ministerium des Inneren die Generaldirektion des öffentlichen Unterrichts, und gleich neun dem Ministerium der Finanzen: so die Generaldirektion der dem Könige zugehörigen Kapitalien und Zinsen (1), der geistlichen Güterverwaltungen (2), der Post (3), der direkten Steuern (4), der Domänen, Forsten und Gewässer (5), die der Amortisationskasse (für die Schuldendienst der alten Territorien / 6), die Generaldirektion des öffentlichen Schatzes (für die Staatseinnahmen / 7), der indirekten Steuern (8) und schließlich der Berg-, Hütten- und Salzwerke, Münzen, Brücken und Chausseen. Die Zuständigkeiten der einzelnen Behörden waren klar formuliert und abgegrenzt. Zweifelsfälle entschied der Staatsrat.

Dem Innenministerium (das als fünftes Ministerium am 23. Dezember 1808 vom Justizministerium getrennt wurde) oblag etwa die Aufsicht über die Departementsverwaltungen und die Stellenbesetzungen von Präfekten und Maires (Bürgermeistern), die Aufsicht über das Rechnungswesen der Departments und Kommunen, die Aufsicht über Gefängnsse, Hospitäler, Armenhäuser, die Sorge für Ackerbau, Industrie, Künste und Handwerke, Maße und Gewichte, die Gesundheitspolizei, die Statistik sowie die Aufsicht über das Schulwesen und die Kirchen und Judengemeinden.