Der Widerstand der kirchlich gesinnten Bevölkerung gegen die Pressionen des protestantischen Staates – etwa beim „Kölner Ereignis“ – fand zunächst keine institutionelle Ausformung, da politische Vereine in Preußen streng verboten waren. Erst die Revolution im März 1848 brachte die Presse-, Meinungs- und Vereinigungsfreiheit. Die öffentliche politische Meinungsbildung führte zur Gründung zahlreicher katholischer Vereine, der sog. „Piusvereine“.
In Münster wurde der Bischof Johann Georg Müller (1798-1870) zum Abgeordneten der Deutschen Nationalversammlung in Frankfurt gewählt – er gab sein Mandat allerdings schon im August 1848 zurück –, während der Paderborner Bischof Franz Drepper (1787-1855, amt. ab 1845) in die Preußische Nationalversammlung nach Berlin entsandt wurde und dort an der Spitze der katholischen Kleriker stand. 1848 fand in Würzburg die erste deutsche Bischofskonferenz statt.
Nach dem Scheitern der Revolution ermöglichte immerhin die neue preußische Verfassung von 1850 die Bildung von Vereinen, so daß sich viele religiöse Vereine bildeten (z.B. die Gesellenvereine des Kaplans Kolping und die Genossenschaften für Krankenpflege). Während katholische Fraktionen in den Parlamenten nur kurzlebig waren, entstand 1870 die Zentrumspartei, die im Kulturkampf 1871-1885 die Interesse der Kirche gegenüber dem Staat artikulierte.