Die Reformation setzte sich in Westfalen und im heutigen Ruhrgebiet ab dem Ende des 16. Jahrhunderts sukzessive durch. Durch die „Glaubensflüchtlinge“ aus den katholischen Nachbarländern, wie den südlichen Niederlanden, trafen in Westfalen aber auch verschiedene Gruppierungen des Protestantismus aufeinander, was nicht immer reibungslos verlief. So entstanden nicht nur allgemein protestantische, sondern auch speziell calvinistische oder lutherische Gemeinden, die sich oft erst mit der Zeit aneinander gewöhnten. Zunächst wurden einst katholische Kirchen umgewandelt, später entstanden aber auch protestantische Neubauten, an deren Architektur sich die Prinzipien der Predigtkirchen, nämlich das Zurücksetzen des Sakramentalen zugunsten des Wortes, ablesen ließen.

Ein Beispiel einer vormals katholischen Kirche, die nun in eine protestantische umgewandelt wurde, ist die heutige Stadtkirche in Unna.
Die Stadt Unna nahm zwar offiziell 1559 den protestantischen Glauben an, doch man hielt an alten Formen fest und änderte auch nichts an der reichen und prachtvollen Innenausstattung der Kirche.

Unna ist aber nicht nur ein Beispiel für eine zum protestantischen Glauben gewechselte Kirchengemeinde, sondern bot in den 1570er auch vielen „Glaubensflüchtlingen“ Platz. Dank der verkehrsgünstigen Lage am Hellweg strömten immer mehr Calvinisten in die Stadt, die vor der Verfolgung aus den spanischen katholischen Niederlanden geflohen waren und hier Zuflucht fanden. Am Anfang begrüßte man den wirtschaftlichen Gewinn, der durch die Flüchtlinge nach Unna kam. Doch als diese mit der Zeit versuchten, im Rat politischen Einfluss zu nehmen, ebbte die Gastfreundschaft schnell ab. Feindseligkeiten waren keine Seltenheit. Erst 1817 kehrte langsam Frieden zwischen den Konfessionen ein und Calvinisten und Lutheraner schlossen sich zur unierten evangelischen Gemeinde zusammen.

Ein weiteres Beispiel für eine solch „gastfreundliche Stadt“ ist Wesel. Die sogenannten Geusen (franz. „gueux“ = Bettler) waren Aufständische aus Flandern und dem heutigen Belgien, die in ihrer Heimat gegen die katholische Übermacht gekämpft hatten. Sie flohen im 16. Jh. zu Tausenden an den Niederrhein, um nicht wieder katholisch werden zu müssen. Wesel, das selbst 1540 den Konfessionswechsel vollzogen hatte, nahm sie mit offenen Armen auf. Der Dom zu Wesel, der noch in katholischer Zeit, 1498, geplant wurde, war gerade fertig geworden und bot den Flüchtlingen eine neue Heimat.

Zu Beginn des 17. Jahrhunderts kam es neben den Umnutzungen von katholischen Kirchen aber nun auch zu Neubauten von protestantischen Kirchengebäuden.

In dem kleinen Ort Alpen am Niederrhein steht die älteste reformierte Pfarrkirche Deutschlands. Gegründet wurde die Kirche in Alpen von der Kurfürstin Amalia von der Pfalz (1539-1602). 1560 hatte der Vater Amalias, Graf Hermann von Neuenahr-Moers offiziell die lutherische Reformation in Alpen eingeführt. Nachdem bald darauf auch der Kölner Erzbischof zum Protestantismus übergetreten war, drohten sich die Machtverhältnisse im Reich zu verändern, sodass nun die katholische Vormacht intervenierte und die Spanier Alpen besetzten. Die Bürger waren nun gezwungen, wieder katholisch zu werden. Am Ende des 16. Jhs. konnten jedoch die Spanier vertrieben werden, die inzwischen verwitwete Kurfürstin kehrte zurück und machte die Gegenreformation rückgängig. Amalia gab also nicht nur den Anstoß zum Kirchenbau, dessen Fertigstellung sie nicht mehr erlebte, sondern sicherte und festigte als Landesherrin auch den protestantischen Glauben ihrer Heimat.
Auch stilgeschichtlich stellte die Kirche in Alpen ein Novum dar. In der vorwiegend durch spätgotische Bauten geprägten westfälischen Architekturlandschaft initiierte die Kurfürstin den Bau einer Saalkirche in den Formen des Frühbarocks. Zwischen 1602 und 1604 erbaute man eine Wandpfeilerkirche, die von vornherein als Predigtkirche konzipiert wurde. Die Kanzel befand sich in der Mitte der Langseite; somit war der Prediger nahezu von allen Plätzen zu hören und zu sehen. Die Kirche wurde bei dem Stadtbrand von 1716 großenteils zerstört und verändert wiederaufgebaut. Ein prächtiges Renaissancegrabmal erinnert heute an die Gründerin dieser Kirche.

Auch in der Lutherkirche in Kamen, die erst 1742 gebaut wurde, finden sich architektonische Hinweise auf die Konfession der hier feiernden Gemeinde. Es handelt sich wiederum um eine Saalkirche, die eine protestantische Besonderheit aufweist. Sie besitzt einen sogenannten Kanzelaltar aus dem Jahr 1650, bei dem der Altartisch und die Kanzel eine architektonische Einheit bilden. Die frühe Datierung des Altares weist darauf hin, dass er ursprünglich für eine andere Kirche gefertigt und nach Vollendung der Lutherkirche hierher versetzt worden ist. Der Kanzelaltar verdeutlicht die gleichwertige Verbundenheit von Predigt und Abendmahl im lutherischen Gottesdienstverständnis.