Im Herbst 1802 begannen in Berlin die Vorbereitungen zur Säkularisation in den neuen Westgebieten des preußischen Königreichs. Anfang 1803 wurde das erste Kloster in Ostwestfalen, Hardehausen, aufgehoben. Zur gleichen Zeit inspizierte die Civil-Commission Paderborn auch Kloster Dalheim. Da es „als das ordentlichste in der Provinz [Westfalen]“ beurteilt wurde, schien sich die Säkularisation aus wirtschaftlichen Gründen für den preußischen Staat geradezu anzubieten.
Am 21. Februar 1803 erging der königliche Beschluss: Friedrich Wilhelm III. hatte die Aufhebung des Klosters Dalheim befohlen und zugleich die Renten für die Konventualen festgesetzt. Bis Ende Mai 1803 hatten alle Chorherren das Kloster verlassen. Für das verbliebene Mobiliar wurde ein Versteigerungstermin im Juni anberaumt; die umfangreiche Bibliothek hatte bereits zuvor viele „Abnehmer“ gefunden.