Aufgrund des großen Landbesitzes lag die Weiterführung des Klosters als Gutsbetrieb nahe. Wie der westfälische Oberpräsident Ludwig von Vincke 1815 rückblickend schrieb, war seit der Säkularisation beabsichtigt, Dalheim „zum Muster einer verbesserten Landwirtschaft zu erheben, und dadurch auf diesen im Fürstenthum Paderborn sehr vernachlässigten Zweig der Landes-Cultur vortheilhaft zu wirken“ - schon 1797 waren diese Mängel, etwa bei der Schafszucht und bei Düngungsverfahren, im Dortmundischen Magazin angeprangert worden.
Bereits 1805 wurde das ehemalige Kloster vom preußischen Staat verpachtet, fiel 1807/08 aber auch schon an das neu gegründete Königreich Westphalen. Damit konnten die ursprünglichen Ausbaupläne nicht weiter verfolgt werden, der Pächter Gottfried Nordmann fand keine Unterstützung mehr. Er bewohnte die Prälatur und veranlasste die Umfunktionierung der Klosterkirche als Stall. Ansonsten wurde vor allem der Wirtschaftshof des Klosters weitergenutzt und das - der Klosterpersonal mit nur geringen Abänderungen übernommen.

Als Nordmann 1814 starb, hatte er vor allem die schon zur Klosterzeit prosperierende Schafzucht
intensiviert. Von einer Vorbildfunktion zur Verbesserung der Landwirtschaft in Ostwestfalen war Dalheim zu diesem Zeitpunkt allerdings weit entfernt. Erst mit dem Gutsverwalter Otto Engelbrecht, der seit 1827 in über vierzigjähriger Tätigkeit wichtige Veränderungen in der Wirtschafts- führung einführte, konnte es dem Anspruch einer Musterwirtschaft in gewisser Hinsicht Genüge tun. Engelbrecht intensivierte ebenfalls die Schafzucht und setzte auf den Anbau und die Verarbeitung von Kartoffeln.
Rund hundert Jahre später war die preußische Domänenzeit vorbei: Der nunmehrige Besitzer, das Land Nordrhein-Westfalen, verkaufte die Domäne an ihren vorherigen Pächter Hans-Joseph Fintrop, der die ehemalige Klosteranlage zwar 1979 an den Landschaftsverband Westfalen-Lippe veräußerte, doch das dazu gehörige Land weiter bewirtschaftete.