Ein solcher Fall ist das 1652 von Münster aus gegründete Kloster der Lotharinger Chorfrauen in Paderborn, die sich der Erziehung von Mädchen annahmen und Schulgeld nur von wohlhabenden Eltern erhoben. So konnte das St. Michaelskloster die erste Säkularisation von 1803 überstehen und blieb auch während der zweiten Säkularisationswelle (1809-1813), der die meisten Klöster im Königreich Westphalen zum Opfer fielen, ungeschoren. Nach der Rückkehr der Preußen 1813 bestand es wegen seiner Schule weiter fort. Nur im Kulturkampf kam es von 1878 bis 1887 zu einer kurzzeitigen Suspendierung.

Grund für die Verschonung vor Säkularisation waren oftmals auch fiskalische Überlegungen. Im Falle der Franziskanerobservanten in Warendorf beispielsweise, die über nur geringe Einkünfte verfügten, hätte eine Auflösung dem Staat wenig eingebracht – eher im Gegenteil: mit den Pensionsaufwendungen für die Mönche sogar nur Geld gekostet. Zwar erging 1804 ein Aufnahmeverbot für Novizen, doch die Eingaben der Bürgerschaft, die Mönche seien unentbehrlich für die Seelsorge, waren schließlich erfolgreich. Das 1828 vom preußischen Staat erlassene Statut beschränkte die Zahl der Insassen auf zwölf Priester und sechs Laienbrüder, verpflichtete sie zur Seelsorge und unterstellte das Kloster staatlicher und bischöflicher Aufsicht. Der Bischof durfte „verirrte Geistliche“ zur Disziplinierung einweisen.
Mit der preußischen Verfassung von 1850 lockerte sich die staatliche Aufsicht. Nach einem Rückschlag während des Kulturkampfes und jahrelanger Aufhebung (von 1875 bis 1887) exitistierte das Kloster weiter fort – bis heute: es fungiert als Altersheim für die Sächsische Ordensprovinz der Franziskaner.