Bis auf ein verkleinertes, um Regensburg und Wetzlar ergänztes Gebiet, das der Kurfürst von Mainz als „Primas von Deutschland“ erhielt, und bis auf die Besitzungen des Deutschen Ordens und des Malteserordens wurden alle geistlichen Staaten der Erzbischöfe, Bischöfe, Äbte und Äbtissinnen säkularisiert und weltlichen Fürsten unterstellt. Obwohl zweieinhalb mehr Land zur Verfügung stand, als zur Entschädigung der linksrheinisch depossedierten Fürsten benötigt wurde – 463 Quadratmeilen brauchte man, 1131 umfaßten die geistlichen Staaten –, setzte Napoleon die Totalsäkularisation durch, auch, um in Deutschland Verbündete zu gewinnen und um den Kaiser zu schwächen. Thomas Nipperdey nannte dies „die eigentliche napoleonische Revolution auf deutschem Boden“.
Neben die „Herrschaftssäkularisation“, die Auflösung fast aller geistlicher Staaten, trat die „Vermögenssäkularisation“, d.h. die Auflösung der reichen Klöster, deren Vermögen vom Staat eingezogen wurden, „zur Erleichterung ihrer Finanzen“ (§ 35), und die „Mediatisierung“, d.h. eine Vielzahl bis dahin nur dem Kaiser unterstellter Städte und Kleinstaaten wurden mittelgroßen Fürstentümern eingegliedert.
Die politischen Folgen waren erheblich: die Zahl der Reichsstände schmolz dadurch von rund 300 auf etwa 30 mittelgroße Territorien. Durch die Abschaffung der landständischen und städtischen Verfassungen in den aufgelösten Staaten gingen auch die meisten Mitspracherechte der eingesessenen adeligen und bürgerlichen Eliten verloren. Das Verschwinden der meisten katholischen Fürstentümer und Kurfürstentümer bedeutete eine Mehrheit der Protestanten im Reichstag; an die Stelle der katholischen Kurfürstenwürden Köln, Trier und Pfalz traten die neuen Kurfürsten von Salzburg (das eine Nebenlinie des katholischen Hauses Habsburg erhielt) und die protestantischen Kurfürsten von Baden, Württemberg und Hessen-Kassel: bei der nächsten Kaiserwahl war damit die Wahl eines katholischen Habsburgers nicht mehr selbstverständlich. Schon 1804 nahm Kaiser Franz II. für seine österreichischen Erblande den Kaisertitel an und legte 1806 die Kaiserwürde nieder.
Der Papst sah der Säkularisation tatenlos zu – er setzte auf den Ersten Konsul Napoleon Bonaparte, mit dem er am 9. Juli 1801 ein Konkordat abschloß, das die Säkularisation in Frankreich bestätigte und dafür dem Papst gewisse neue Rechte in der bisher ganz unabhängigen französischen Kirche einräumte.